Los órganos de gobierno de la Agencia Pública Andaluza de Educación son los siguientes:
El Consejo Rector.
El Consejo Rector es el órgano superior de la Agencia, ostenta la alta dirección, gobierna la entidad y establece las directrices de actuación de la misma, de conformidad con las fijadas por la Consejería competente en materia de educación.
La Presidencia.
La Presidencia de la Agencia corresponde a la persona titular de la Consejería competente en materia de educación. Ostenta la superior representación institucional de la Agencia y de su Consejo Rector.
La Dirección general.
La Dirección General, como órgano ejecutivo de máximo nivel, tiene a su cargo la dirección inmediata y la gestión directa de las actividades de la Agencia, de acuerdo con las directrices del Consejo Rector. Su nombramiento y cese se realizan por Decreto del Consejo de Gobierno, a propuesta de la persona titular de la Consejería competente en materia de educación.
